Pour l’administration, le salarié en arrêt maladie avant la suspension de son contrat pour non-respect de l’obligation vaccinale a droit aux IJSS et au complément employeur.

Deux cas de figure peuvent se présenter :

1-Le salarié est placé en arrêt maladie par un médecin avant la suspension pour non-respect de l’obligation vaccinale 
-Son contrat de travail est suspendu dans les conditions prévues par le droit commun : arrêt de travail à adresser à son employeur sous 48 h, le versement des indemnités journalières de la sécurité sociale (IJSS) et  s’il en remplit les conditions du complément employeur.
-L’obligation vaccinale applicable au salarié ne peut être exigée durant cet arrêt maladie, les obligations émanant du contrat de travail étant mises entre parenthèses durant cette période. Toutefois, à l’issue de son arrêt maladie, le salarié retrouve sa situation contractuelle et devra prouver à son employeur qu’il respecte l’obligation vaccinale prévue.


2- Le salarié est placé en arrêt maladie par un médecin après la suspension pour non-respect de l’obligation vaccinale 
–Il a droit à bénéficier de ses IJSS. Pour autant, son contrat de travail ayant été suspendu initialement pour défaut d’obligation vaccinale, l’employeur n’est pas tenu de verser le complément employeur pour la durée de l’arrêt de travail, sous réserve des stipulations prévues dans les conventions collectives.
-Les arrêts de travail en question peuvent être soumis à des contrôles au domicile des patients pour vérifier leur présence en dehors des heures de sortie autorisées, ainsi que des contrôles médicaux par des médecins conseils de l’assurance maladie pour s’assurer de la réalité de l’incapacité de travail constatée par le médecin et justifiant l’arrêt, comme pour tout arrêt de travail déclaré pour maladie.